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可以分期辦理，但前提是必須滿足一定的條件。
根據(jù)《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》（環(huán)辦環(huán)評[2017]84號）第四條明確規(guī)定：
“分期建設(shè)的項目，環(huán)境影響報告書（表）以及審批文件應(yīng)當(dāng)列明分期建設(shè)內(nèi)容，明確分期實施后排放口數(shù)量、位置以及每個排放口的污染物種類、允許排放濃度和允許排放量、排放方式、排放去向、自行監(jiān)測計劃等與污染物排放相關(guān)的主要內(nèi)容，建設(shè)單位應(yīng)據(jù)此分期申請排污許可證。分期實施的允許排放量之和不得高于建設(shè)項目的總允許排放量?！?/span>
這說明，在環(huán)評中已明確分期建設(shè)內(nèi)容的前提下，排污許可證可以分期核發(fā)。
如果環(huán)評審批未明確分期建設(shè)內(nèi)容，則不能直接依據(jù)該環(huán)評文件分期申請排污許可證。因為排污許可證的核發(fā)需嚴(yán)格依據(jù)環(huán)評及其批復(fù)中的污染物排放信息。
但在實際操作中，若建設(shè)單位確有分期建設(shè)需求，可以通過以下途徑實現(xiàn)排污許可分期管理：
補(bǔ)充完善環(huán)評文件：建設(shè)單位可對原環(huán)評文件進(jìn)行補(bǔ)充說明或修訂，明確分期建設(shè)的具體內(nèi)容，并取得環(huán)評審批部門的確認(rèn)。
重新報批環(huán)評文件：如項目建設(shè)內(nèi)容發(fā)生重大變動，包括分期建設(shè)安排的調(diào)整，根據(jù)《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》第七條：
“建設(shè)項目的環(huán)境影響報告書（表）經(jīng)批準(zhǔn)后，建設(shè)項目的性質(zhì)、規(guī)模、地點、采用的生產(chǎn)工藝或者防治污染、防止生態(tài)破壞的措施發(fā)生重大變動的，建設(shè)單位應(yīng)當(dāng)依法重新報批環(huán)境影響評價文件……”
因此，如分期建設(shè)構(gòu)成“重大變動”，則需重新報批環(huán)評文件。
排污許可分期申請的條件：
環(huán)評文件或其補(bǔ)充說明中必須明確分期建設(shè)內(nèi)容；
分期后的各階段排放總量不得超過項目總允許排放量；
各期次的排放口設(shè)置、污染物種類、排放濃度、排放量等信息必須清晰且符合環(huán)保要求；
建設(shè)單位需提交詳細(xì)的分期建設(shè)方案及相應(yīng)的污染防治措施落實計劃。
環(huán)評審批是排污許可的重要前提和依據(jù)。排污許可證的核發(fā)必須基于環(huán)評文件及其批復(fù)所確定的污染物排放信息。
根據(jù)《排污許可管理條例》第十一條規(guī)定：
“(一)依法取得建設(shè)項目環(huán)境影響報告書(表)批準(zhǔn)文件，或者已經(jīng)辦理環(huán)境影響登記表備案手續(xù)；……(二)污染物排放符合污染物排放標(biāo)準(zhǔn)要求，重點污染物排放符合排污許可證申請與核發(fā)技術(shù)規(guī)范、環(huán)境影響報告書(表)批準(zhǔn)文件、重點污染物排放總量控制要求；”
因此，排污許可證的分期核發(fā)必須以環(huán)評文件的分期建設(shè)內(nèi)容為基礎(chǔ)，否則無法滿足排污許可證核發(fā)的技術(shù)和法律要求。
雖然環(huán)評未明確分期建設(shè)內(nèi)容，但根據(jù)以下政策仍可能支持分期排污許可的申請：
《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》（環(huán)辦環(huán)評[2017]84號）第四條：
“分期建設(shè)的項目，環(huán)境影響報告書（表）以及審批文件應(yīng)當(dāng)列明分期建設(shè)內(nèi)容……建設(shè)單位應(yīng)據(jù)此分期申請排污許可證?！?/span>
《排污許可管理辦法》（生態(tài)環(huán)境部部令 第32號）第二十二條：
“審批部門應(yīng)當(dāng)嚴(yán)格按照環(huán)境影響報告書（表）以及審批文件要求核發(fā)排污許可證，維護(hù)環(huán)境影響評價的有效性。”
《建設(shè)項目竣工環(huán)境保護(hù)驗收暫行辦法》第三章第十五條：
“各級環(huán)境保護(hù)主管部門應(yīng)當(dāng)通過‘雙隨機(jī)一公開’抽查制度，強(qiáng)化建設(shè)項目環(huán)境保護(hù)事中事后監(jiān)督管理?！?/span>
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這些條款表明，只要環(huán)評文件中存在分期建設(shè)的可行性描述，即使未詳細(xì)列出，也可通過補(bǔ)充說明的方式完善相關(guān)內(nèi)容，從而作為排污許可分期管理的依據(jù)。
根據(jù)相關(guān)政策文件，環(huán)保部門在審核分期排污許可申請時，將重點關(guān)注以下因素：
是否具備合法的環(huán)評依據(jù)：
是否取得環(huán)評批復(fù)；
是否明確分期建設(shè)內(nèi)容；
是否屬于重大變動情形，是否重新報批。
污染物排放總量控制要求：
各期次的排放總量是否合計不超過項目總允許排放量；
是否符合國家或地方的重點污染物總量控制要求。
污染防治措施落實情況：
污染物排放口設(shè)置是否合理；
自行監(jiān)測計劃是否完整、可行；
是否采用可行技術(shù)達(dá)到排放標(biāo)準(zhǔn)。
信息公開與監(jiān)管要求：
排污許可證執(zhí)行報告、臺賬記錄是否納入日常監(jiān)管；
是否按照《建設(shè)項目竣工環(huán)境保護(hù)驗收暫行辦法》要求開展驗收并公開相關(guān)信息。
是否存在違法行為：
是否存在無證排污或不按證排污行為；
是否曾因環(huán)保問題受到行政處罰。
審批部門應(yīng)嚴(yán)格按照以下標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行審批：
合法性原則必須確保環(huán)評文件中有關(guān)于分期建設(shè)的內(nèi)容，或通過補(bǔ)充材料獲得環(huán)保部門認(rèn)可。
一致性原則排污許可證中的污染物種類、排放濃度、排放量、排放方式等必須與環(huán)評批復(fù)保持一致。
可控性原則必須確保每期建設(shè)的污染物排放可控，不會突破區(qū)域環(huán)境容量和總量控制目標(biāo)。
完整性原則必須提供完整的分期建設(shè)方案、污染防治措施落實計劃和自行監(jiān)測方案。
綜上所述：
在環(huán)評未明確分期建設(shè)內(nèi)容的情況下，原則上不能直接申請分期排污許可證；
如確需分期建設(shè)，應(yīng)通過補(bǔ)充環(huán)評說明或重新報批環(huán)評文件，明確分期建設(shè)內(nèi)容；
排污許可證的分期核發(fā)必須嚴(yán)格依據(jù)環(huán)評文件及其批復(fù)；
政策依據(jù)主要包括《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》（環(huán)辦環(huán)評[2017]84號）、《排污許可管理條例》和《排污許可管理辦法》；
環(huán)保部門審核時將重點審查環(huán)評依據(jù)、污染物總量控制、污染防治措施、信息公開等內(nèi)容；
審批標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)堅持合法性、一致性、可控性和完整性原則。
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